宁夏王李成栋虽然死了，但是他的部将杜永和、阎可义、郝尚久、罗成耀、黄应杰、杨大福、张道瀛、张月、郭虎、叶承恩、李元胤、马宝、吴文献仍然占据着广东全省形成了一个军阀集团。
在1649年初到1650年这一年多的时间里，这个军阀集团对永历朝廷内部的政局产生了很大的影响：永历朝廷内部的官员倚仗自己背后的将领争权夺利，将领们则只顾割据一方，甚至不惜对友军大打出手，如1649年忠贞营到达两广，广东明军直接出兵阻击，但最终还是被忠贞营打败。李成栋旧部将领以及永历朝廷内部的官员的相互争斗给抗清斗争带来了巨大的负面影响。
1649年年末，清廷的“东江三王”尚可喜、孔有德、耿继茂三人领四万余清军南下进攻两广，孔有德主攻广西，尚可喜、耿仲明准备进攻广东。早在这一年的七月份，江西清军就在梅岭战役中击败了阎可义部明军，阎可义带着自己的残兵败将退到南雄，不久之后就去世了。到十二月份，耿、尚二王军以江西将领栗养志为先锋，二十七日到南安，二十八日突然翻过梅岭，二十九日就推进到南雄城下。
此时南雄城内的守军被之前的谣言所迷惑，认为清军会停留在南安城内过年，放松了警惕，尚可喜先派遣数十名奸细入城，半夜突然在鼓楼放火，打开城门，清军蜂拥冲入南雄，明朝守军自总兵杨杰、副将萧启以下大小将领二十四人，步兵六千人，骑兵二百人全部阵亡，南雄全城居民要么死于清军的屠杀，要么四散而走，尚可喜又派遣总兵班志富攻打韶州。直至1650年正月初六日，主持南雄、韶州二府军务的宝丰伯罗成耀带领自己部下的5000多名官兵不战而逃，韶州同知许元庸被迫带领当地官民投降清朝。清总兵许尔显攻陷清远县城，二月初四日从化县城投降，明朝副将吴六奇带领部下官兵一千人投降清朝，韶州、南雄二府直辖的州县几乎全部陷落。罗成耀溃逃之后，阴谋降清，被忠于明朝的李元胤捕杀。
二月初六日，尚可喜、耿继茂的部队到达广州城郊，一方面准备开始攻城，另一方面派人招降广州城内的明朝两广总督杜永和。杜永和拒绝投降，并且在二月初九的交锋之中大败清军。尚、耿二人见攻击城墙不利，只得加紧对于广州的围困，然后加紧铸造大炮。与此同时，清总兵许尔显带领水师在芦苞水击败南明水师，击毁战船二十艘，俘获八艘大船，堵截江面上的明军船只，然后和清军主力汇合。此时广州城外的清军主力集齐，派人下乡收集粮草，结果遭到广州城郊乡民的抵抗，龙眼峒的居民甚至发炮轰击清军。三月份，清军发兵镇压，龙眼峒再坚持抵抗了十余天之后被攻破，居民500余家全部被屠杀，各地乡民害怕，只能归顺清廷。同月，明广州总兵苏文光带兵化妆成农民，乘坐小船偷偷的溜出了广州城，到慕德里准备袭击清军，结果中伏而死。
在围攻广州的同时，清军还在加强水陆力量，尚可喜派遣刚刚和主力会师的许尔显招降海贼梁标相、刘龙胜、徐国隆等人，得到战船二百二十多艘，又招募水兵两千人，赣州方面又派遣了总兵高进库、先启玉二人带兵入粤，协助耿、尚攻打广州。在惠州的惠州总兵黄应杰、岭东道李士琏，在潮州的潮州总兵郝尚久都向清军投降。此时已经逃到广西的南明朝廷命令仍在广东活动的明总兵马宝、郭登第二人领兵向清远县城发动反攻，结果被清军击败，明军“制南韶，使清军南北不得相顾”的战略意图被清军粉碎，清副将吴进功又在三水击败明朝广东凌海将军陈奇策部水师以及总兵张月部陆军，广州岌岌可危。而此时的南明朝廷已经是黔驴技穷了，之前派出的广西援军忠贞营刘国昌部在桂粤边境遭到广东南明军阀的袭击而溃不成军，占据南宁的陈邦傅又心怀鬼胎，朝廷只能眼睁睁看着广州城内的杜永和苦苦支撑。
到十月份，清军新造大炮完成，共计四十六尊再加上赣州调来的以及在广东各地缴获的大炮，围攻广东的清军所拥有的重炮达到了七十三尊，每尊火炮有火药炮子五百出。十月下旬，清军准备就绪。尚可喜、耿继茂二人下令全力猛攻广州城墙，清军总兵连得成、班志富、高进库部以及降将郭虎的兵马首先攻克广州西关。
十一月初一日，清军又集中重炮轰击广州城墙西北角，重炮一直轰击到第二天，该处城墙崩塌了三十丈，清军从缺口杀入城内，明军仍在开火射击，杀死杀伤清军甚多，尚可喜、耿继茂二人亲自披甲上阵，指挥清军在城中巷战，终于将明军击溃，前后斩得明军首级六千多颗，缴获明朝周王世子印一颗、侯爵印三颗、关防铜印四十一颗、各类火炮五百一十二尊，还有大量的盔甲和鸟铳之类的轻火器。杜永和等人带领明军残部从南门突围而出，清军仍穷追不舍，又有不少明军落水淹死。杜永和、吴文献、张月、李建捷、殷之容等明军将领带领为数不多的部队，上船逃跑，百余只明军战船失魂落魄地逃窜出海，直至琼州。
在广东几乎全部沦陷之后，杜永和带领琼州明军投降清朝，后来还在1664年参加了针对厦门郑经部明军的围剿，李明忠拒绝再次投降清朝，最终被耿继茂杀害。在广州陷落之后，广州人民遭到了清军持续12天的疯狂屠杀，屠杀结束之后，僧人们清点尸体然后将尸体运出城外焚烧，死难者的骨灰凝固成的小丘直到200多年之后的十九世纪还能看见。
广州失守之后，清军总兵许尔显、徐成功等人向西进攻，在1651年的元月攻克了肇庆，李明忠调广西狼兵3000人于高州迎战徐成功，清军连破明军三道栅栏，总共杀死明军两千人，李明忠航海出逃，其副将王邦友，监军道郭光祖投降，同月，郭登第以及部下军官三十七人，骑兵三百人，步兵两千五百人在罗定投降。四月份，徐成功、高进库、盛登科等人自石城进攻廉州，在廉州杀死明军八千余人，俘虏五百人。与此同时，降清将领黄应杰、郭虎等人又一举攻灭了在惠州附近活动的明都督薛进，薛进本人阵亡，部下官兵全军覆没。
九月，雷州失守，李成栋旧部中对明朝最忠诚的李元胤被清军俘虏，后来在广州遇难，广东全省再次沦陷。1651年年末，耿继茂开始攻打琼州，杜永和带领残部投降，杜永和的投降标志着这个李成栋反正所形成的南明军阀集团被清军摧毁。当然了，李成栋部将仍然有人继续活动在明方阵营，比如一直在广东坚持抗清的安定伯马宝，三年之后李定国进攻广东，马宝带领其残部投靠了李定国。
李成栋于1647年年初攻占广东，1648年四月反清，直至1651年九月份雷州失守，李元胤被俘，广东重新回到南明控制之下的时间大约是三年多。可以说，广东的再次沦陷给了南明政权又一次沉重的打击，此时仍然控制在明朝手里的只有广西、湖南等地的一些残疆剩土，虽然大西军余部控制南明政权之后，进行了大规模的反击，但广东自始至终都没有被完全收复，而广东没有被收复，居于广西、云南，贵州，四川等地的南明中央政权就无法和福建的郑成功势力会师，也就无法给予清廷更为沉重的打击。
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